El anabaptismo nace en Zurich en los años 1523-1525 fundamentado en las bases doctrinales de Stork y Münzer, quienes habían introducido el bautismo en los adultos que se opusieron a cualquier forma de iglesia organizada, dándole al cristianismo una interpretación espiritualista y concibiendo a la Iglesia como una comunión de los santos.
Para los Anabaptistas, tras las dos caídas bíblicas (Adán en el Edén y Jesús en la Cruz), vendría una nueva etapa en la que prevalecería la libertad, el resurgimiento del Verbo, que estaba ya renaciendo.
En los siete Artículos de Schleitheim, se definen con claridad los conceptos doctrinarios. El bautismo, por ejemplo, solo debe ser administrado a los pecadores penitentes y creyentes, la Cena solo tiene un valor conmemorativo y los fieles deberán separarse de la Iglesia Católica Romana y de la Iglesia Reformada. Estos cristianos no pueden utilizar armas ni desempeñar cargo público alguno.
Esencialmente, el grupo proponía una interpretación literal y estricta del la biblia, llevada a su límite. Imponían además una disociación entre la comunidad santa y cualquier tipo de colaboración con el mundo. Creían en la necesidad de una forma religiosa que fuera acompañada de una reforma social. Así pues, de acuerdo a la interpretación de los textos evangélicos, propiciaron una sociedad sin clases y la comunidad de bienes.
Los anabptistas fueron exterminados en el 1535, pero volvieron a renacer bajo el liderazgo de Menno Simons (1496-1561) , por lo que en esta oportunidad llevaron el nombre de Mennonitas o Menonitas.
Los primeros seguidores de Simons proponían un regreso a la Iglesia primitiva. Se inclinaban pues, por una religión más espiritual y menos sacramental que el catolicismo tradicional.
Aunque inicialmente, los mennonitas tuvieron un fuerte sentido de misión, las constantes persecuciones los llevaron al retiro en comunidades aisladas. Elaboraron así una apología del exilio: los verdaderos discípulos de Cristo siempre serán inevitablemente perseguidos.
En 1537, los Menonitas inician la emigración en busca de libertad religiosa.
Un cierto número de menonitas emigraron al Sur de Rusia en 1788, además de la ansiada libertad, también les habían ofrecido tierras. Esta emigración continuó hasta 1824 fundando importantes colonias menonitas. Se dirigen también hacia América del Norte, la primera congregación fue fundada en 1683 en Germantown, Pennsylvania, en donde se instalan bajo el nombre de Hermanos Huteritas. Siguió luego un crecido número de emigraciones provenientes de Alemania, Holanda, Suiza y, desde 1870 y hasta 1945, desde Rusia. Actualmente doce diferentes ramas mennonitas en los Estados Unidos en algunas de las cuales los miembros no llegan a 1000. Hubo también en 1917 emigraciones a Canadá, Brasil y Paraguay. En 1997, algunas comunidades Menonitas provenientes del Paraguay emigraron a sectores rurales de Argentina.
Las comunidades menonitas rechazan la burocracia eclesiástica y son muy autónomas aunque poco estructuradas. Manifiestan un rechazo por lo mundano que se evidencia en el pacifismo, el rechazo de los juramentos, la separación de la Iglesia y el Estado y la excomunión de los miembros pecadores dentro del grupo.